当合作各方因协议履行产生分歧时，纠纷的处理不仅关乎商业利益的得失，更考验着各方对契约精神与法律规则的理解与运用。妥善处理合作协议纠纷，通常遵循一套多层次、递进式的法律解决路径。
协商与调解是解决纠纷的优先选择。争议发生后，各方应立即审查协议中关于争议解决的条款，这是行动的基石。在此基础上，各方应本着诚实信用原则，直接进行沟通协商。协商的核心在于厘清事实、明确争议焦点，并寻求互利共赢的解决方案。若自行协商困难，可共同邀请第三方机构或专业人士居中调解。调解具有程序灵活、保密性强且利于维护长期商业关系的优势。此阶段，注意保留所有沟通记录，为后续可能的法律程序保存证据。
当协商与调解无法弥合分歧时，仲裁或诉讼便成为主要的法律途径。选择何种方式，首要依据是合作协议中是否包含有效的仲裁条款。如果协议明确约定通过仲裁解决争议，且约定符合法律规定，则当事人应向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁实行一裁终局，裁决具有法律强制力，其程序通常较诉讼更为高效、专业。若协议未约定仲裁或约定无效，则当事人可依法向人民法院提起诉讼。诉讼程序更为严格规范，通过法庭调查、辩论等环节，由法院作出具有最高权威性的判决。
无论选择仲裁还是诉讼，充分的证据准备是决胜关键。当事人应系统性地收集与纠纷相关的所有证据材料。书证方面，合作协议及其附件、补充协议、往来函件、会议纪要、付款凭证等至关重要。电子数据，如电子邮件、即时通讯记录、电子合同等，也需注意完整保存。在必要时，可申请法院或仲裁机构进行证据保全，防止证据灭失。对于专业性较强的争议问题，考虑委托审计机构进行鉴定或聘请专家辅助人提供专业意见，能够有效增强己方主张的说服力。
在实体法律适用上，处理合作协议纠纷主要依据《中华人民共和国民法典》合同编及相关司法解释。法院或仲裁机构将重点审查协议的效力、各方履约情况、违约行为与损失之间的因果关系等。主张权利的一方需承担相应的举证责任。常见的争议焦点包括：协议是否成立生效、合同条款的解释、一方是否构成根本违约、损失赔偿的范围如何计算、以及是否存在免责事由等。清晰的法律论证和严谨的证据链条是维护自身合法权益的核心。
处理合作协议纠纷是一个从友好协商到刚性裁判的渐进过程。明智的当事人应在合作之初就拟定权责清晰、争议解决机制明确的协议，防患于未然。纠纷发生后，则需保持理性，审时度势，灵活运用法律赋予的各种工具与程序，力求以最小成本达成最公正的解决结果，从而保障交易安全，维护市场秩序的稳定。